项目设置交叉重复，资金投向较为分散
　　据不完全统计，2005年中央财政补助5省（区）的190项专项转移支付中，有53项存在内容交叉重复的问题，涉及资金56.66亿元；按项目分配的有92项，涉及资金299.22亿元，具体分配到30818个项目单位。其中10万元以下的项目9415个，平均每个项目仅3.4万元。
部分项目计划与实际需要脱节
　　2005年，中央对5省（区）的专项转移支付中，36.3％直接分配到具体项目。尽管这些项目是经过逐级申报和层层审核确定的，但部分项目仍存在计划与实际脱节的问题。如内蒙古自治区准格尔旗等4旗（区）在2000年9月前已完全禁牧，但2003至2005年中央财政仍安排8677万元转移支付资金用于4旗（区）退牧还草围栏建设。有些地区根据当地情况对已批准的项目作了部分调整，虽不符合有关规定，但符合实际需要。如湖南省株洲市根据有的学校即将撤销或生源减少的情况，调整了2005年中央下达的8个农村中小学危房改造项目，避免了资金浪费。
部分资金未在当年拨付使用
　　截至2005年底，5省 （区）本级尚有95.28亿元专项转移支付资金未能下拨，占中央拨付资金总额的11.6％；抽查的25个地（盟、市）和37个县（市、旗）滞留资金比例分别达11.2％和30.2％。这种状况直接影响资金的有效使用。
　　——《关于2006年度中央预算执行和其他财政收支的审计工作报告》