环保总局、烟草局、民航总局
　　多报多领财政资金8489.2万元。（其中，环保总局2006年重复申报全国土壤环境质量状况调查与评价项目，获取财政资金3124万元。）
南水北调办、海关总署等33个部门
　　挤占挪用财政资金和其他专项资金等8.59亿元。（具体是：用于购建办公楼、对外投资等5.6亿元，弥补本单位日常开支、发放津贴补贴等。）
供销总社、新闻出版总署等15个部门
　　截留、少报和转移资金等3.94亿元。
卫生部、国家信息中心等12个部门
　　违规收费或未严格执行非税收入管理规定的问题，涉及金额1.85亿元。
烟草局、教育部等19个部门
　　预算不细化、不完整和批复不及时，涉及金额190.03亿元。
铁道部、广电总局等6个部门所属的9个单位
　　虚列项目、虚报支出或多报人数，套取财政资金1404.54万元。
发展改革委、文化部等25个部门所属92个单位
　　挪用财政资金和其他专项资金等27.54亿元。
电监会、劳动保障部等23个部门所属的33个单位
　　隐瞒收入、虚列支出，转移资金5.91亿元，其中5.45亿元未纳入法定账册，部分用于发放职工奖金福利等。
中科院、水利部等13个部门所属的50个单位
　　对外投资管理不严，转制不规范，少计国有资产和权益等，涉及金额22.84亿元。
农业部、国资委等11个部门所属的16个单位
　　违规收费或未严格执行非税收入管理规定，涉及金额2.49亿元。
民航总局、信息产业部等4个部门所属的5个单位
　　未经批准和超标准、超概算建设办公楼、培训中心等问题，涉及金额17.39亿元。
　　——《关于2006年度中央预算执行和其他财政收支的审计工作报告》